Cette année marque le cinquième été de la pandémie de Covid-19, et les prévisions pour 2024 indiquent une vague d’infections estivales sans précédent.
Selon les estimations des Centers for Disease Control and Prevention (CDC) des États-Unis, les infections à Covid-19 sont en hausse dans 32 États, d’après les données des visites aux services d’urgence. Cependant, les hospitalisations et les décès dus au Covid restent à des niveaux historiquement bas.
Depuis début mai, une augmentation constante des infections à Covid a été observée aux États-Unis, en Europe, à Singapour, en Nouvelle-Zélande et en Australie. Non seulement le président Joe Biden a été testé positif, mais au moins 40 athlètes participant aux Jeux Olympiques d’été de 2024 à Paris ont également contracté le virus.
« Le Covid-19 est toujours bien présent », a déclaré Maria Van Kerkhove, Directrice par intérim de la préparation et de la prévention des épidémies à l’Organisation mondiale de la santé, lors d’une conférence de presse la semaine dernière.
Cette récente augmentation des cas est principalement attribuée à un nouveau groupe de sous-variants de Covid étroitement liés, collectivement appelés « FLiRT ».
Retour à l’école et saison des virus respiratoires
À l’approche de la rentrée scolaire aux États-Unis, les élèves se préparent à retourner en classe. Cette période coïncide traditionnellement avec l’augmentation des virus respiratoires, tels que la grippe, le VRS et, de plus en plus, le Covid.
« Je ne sais pas ce qui va se passer cet automne et cet hiver », déclare Kei Sato, virologue à l’Université de Tokyo. Bien que les variants FLiRT soient susceptibles de continuer à évoluer après l’été, l’émergence de nouveaux sous-variants ne peut pas être exclue. « Un événement similaire à Omicron » semble se produire chaque année à l’automne depuis 2021, ajoute Sato.
Comprendre les variants FLiRT
La famille des variants « FLiRT » comprend la majorité des variants actuellement en circulation, identifiés par les lettres KP, JN et le variant LB.1.
Le terme « FLiRT » est un acronyme désignant un ensemble de mutations sur la protéine de pointe du SARS-CoV-2, le virus responsable du Covid-19. Ce virus utilise la protéine de pointe pour se lier aux récepteurs ACE2 présents dans nos cellules nasales et pulmonaires, provoquant ainsi l’infection.
Toutes les protéines sont constituées d’acides aminés qui s’assemblent comme des perles. Les mutations peuvent transformer un acide aminé en un autre, modifiant ainsi le comportement de la protéine et rendant le virus plus ou moins infectieux, ou capable d’échapper à l’immunité.
Les membres de la famille des sous-variants FLiRT descendent du variant JN.1, qui était dominant aux États-Unis au début de 2024. JN.1 était particulièrement atypique car il a acquis 41 mutations qui le distinguaient de l’Omicron XBB.1.5, sur lequel le vaccin bivalent actuel contre le Covid est basé.
Les variants FLiRT sont-ils préoccupants ?
Les coronavirus, comme le SARS-CoV-2, mutent fréquemment pour éviter d’être reconnus par les anticorps. Les deux mutations FLiRT suppriment les sites sur le virus où les anticorps se lient au SARS-CoV-2.
D’autres mutations présentes dans les variants FLiRT peuvent soit aider le virus à se lier plus efficacement aux récepteurs ACE2, augmentant ainsi son infectiosité, soit l’aider à échapper à l’immunité acquise précédemment, ou les deux, explique Adrian Esterman, épidémiologiste à l’Université d’Australie du Sud.
Des études préliminaires montrent que tous les sous-variants FLiRT existants sont très efficaces pour échapper à l’immunité acquise grâce à plusieurs vaccinations contre le Covid, y compris le dernier vaccin bivalent, ou à une infection antérieure par un variant d’Omicron.
Cependant, la bonne nouvelle est qu’en échappant aux anticorps, les variants FLiRT semblent également avoir perdu une partie de leur capacité à infecter leur cible, car le virus avait besoin des sites de liaison aux anticorps d’origine pour se lier au récepteur ACE2 et pénétrer dans les cellules.
« Ces variants ne sont pas encore particulièrement préoccupants, même avec les nouvelles mutations qui affectent certains aspects de la biologie du virus », déclare Shan-Lu Liu, virologue à l’Université d’État de l’Ohio.
Il est courant que les virus acquièrent des mutations qui les aident à échapper à l’immunité, ce qui peut affecter leur capacité à infecter les cellules, explique Liu. « Les virus peuvent rapidement évoluer de nouvelles mutations pour restaurer leur infectiosité. »
En attendant, Sato pense que l’immunité déclinante due aux vaccinations et aux infections antérieures, associée à la capacité des variants FLiRT à échapper à l’immunité restante, est probablement la principale raison de la récente augmentation des infections.
Liu est également d’accord pour dire que l’augmentation actuelle des infections à Covid est principalement due à un faible taux de vaccination de rappel et à une augmentation des voyages estivaux.
Les vaccins et traitements contre le Covid sont-ils toujours efficaces ?
Les visites aux services d’urgence, les hospitalisations et les décès ont tous augmenté cet été, mais restent bien inférieurs aux niveaux observés lors des vagues précédentes de la pandémie.
Il n’y a aucune indication que ces nouveaux variants FLiRT soient plus dangereux que d’autres souches d’Omicron.
Les recherches montrent que la vaccination reste efficace pour prévenir les cas graves de Covid-19.
Cependant, les vaccins actuels contre le Covid sont basés sur le variant XBB.1.5, un sous-variant antérieur d’Omicron. Bien que ce vaccin produise des anticorps qui ciblent toujours les variants FLiRT, son efficacité est notablement réduite.
Une infection récente par le variant JN.1 semble offrir une protection solide contre tous les variants FLiRT.
Par conséquent, les régulateurs des vaccins recommandent désormais des vaccins contre le Covid mis à jour pour cet automne, basés sur le variant JN.1 et les variants FLiRT associés.
