Amélioration de la Sécurité Alimentaire grâce à une Base de Données Innovante
Une avancée significative dans la recherche alimentaire
Des chercheurs affirment qu’une base de données développée dans le cadre d’un projet européen pourrait renforcer la sécurité alimentaire. Cette base de données, qui regroupe des métagénomes alimentaires, a été créée dans le cadre du projet MASTER financé par l’UE. Les métagénomes représentent le matériel génétique de tous les microorganismes présents dans un environnement donné.
La base de données cFMD
La base de données, nommée cFMD (curated Food Metagenomic Data), compile des métagénomes issus de divers aliments. Les technologies de séquençage de l’ADN permettront aux chercheurs de s’attaquer à des problématiques telles que le gaspillage alimentaire, la résistance aux antimicrobiens et la sécurité des aliments. Les microorganismes peuvent avoir des effets bénéfiques sur la production alimentaire, comme dans le cas de la fermentation, mais peuvent également causer des problèmes tels que la détérioration des aliments ou des maladies d’origine alimentaire.
Méthodes d’analyse traditionnelles
L’analyse de ces microorganismes reposait auparavant sur des méthodes traditionnelles nécessitant la culture des microorganismes sur des milieux gélosés dans des plaques de Petri, avec des milieux spécifiques pour chaque type de microorganisme.
Avantages pour la sécurité alimentaire
Les scientifiques estiment que l’utilisation de méthodes de séquençage de l’ADN à haut débit pourrait révolutionner les tests alimentaires. Cette approche permet un test rapide et simultané de tous les microorganismes, y compris ceux qui sont difficiles à cultiver. Des milliers d’échantillons prélevés dans des installations de transformation alimentaire en Europe ont été soumis à des tests ADN. Grâce à cette base de données, les résultats des analyses basées sur le séquençage de l’ADN peuvent être traités rapidement et avec précision pour identifier et contrôler les microorganismes indésirables.
Détails du projet MASTER
Le projet MASTER, qui a débuté en janvier 2019, regroupe 30 partenaires et s’étendra sur quatre ans. Il utilise des technologies de séquençage pour cartographier les microbiomes dans divers environnements alimentaires et non alimentaires. Le professeur Paul Cotter, coordinateur du projet et responsable des biosciences alimentaires à Teagasc (l’Autorité irlandaise de développement de l’agriculture et de l’alimentation), a indiqué que les données couvrent 15 catégories alimentaires provenant de 52 pays.
Une ressource précieuse pour les scientifiques
Le cFMD contient des données sur 3 600 espèces microbiennes, dont 290 sont nouvelles. Cette base de données est accessible gratuitement et peut être largement utilisée pour des études sur les microbiomes et des applications dans l’industrie alimentaire. Par exemple, elle peut aider à étudier le déplacement des microbes le long de la chaîne alimentaire, à analyser la propagation des gènes de résistance aux antimicrobiens, à détecter des microbes indésirables et à examiner la transmission des microbes à l’homme. La disponibilité du cFMD représente une avancée majeure vers un avenir où le séquençage métagénomique pourrait remplacer la microbiologie classique comme outil de suivi des microbes dans la chaîne alimentaire.
Recherches connexes
Une étude récente publiée dans la revue Cell a été menée par des équipes de l’Université de Trento et de l’Université de Naples Federico II en Italie, ainsi que par Teagasc d’Irlande, le Conseil national de la recherche espagnol et l’Université de León en Espagne, MATIS d’Islande et FFoQSI en Autriche, avec d’autres contributeurs.
Le professeur Danilo Ercolini du Département des sciences agricoles de l’Université de Naples Federico II a déclaré : « La disponibilité d’un ensemble de données aussi vaste, incluant des métagénomes alimentaires et des génomes de microbes alimentaires, sera une ressource essentielle pour de nombreux scientifiques de l’alimentation afin d’explorer davantage la présence et le rôle des microbes dans les aliments et les installations de transformation alimentaire, dans le but ultime d’améliorer la qualité, la sécurité et la durabilité des aliments. »
Observations sur les espèces microbiennes
Bien que la plupart des espèces connues pour leur transmission alimentaire aient été rarement détectées dans les aliments échantillonnés, Listeria monocytogenes a été identifiée une fois, et Clostridium perfringens a été trouvé à trois reprises. Les chercheurs ont également découvert des centaines d’espèces non caractérisées dans le microbiome alimentaire.
« L’isolement ciblé et la caractérisation fonctionnelle de ces microbes alimentaires que nous avons détectés uniquement par métagénomique devraient être la prochaine étape pour exploiter davantage leur rôle dans le traitement, la qualité et la sécurité des aliments. Nos résultats soutiennent le typage moléculaire, ce qui signifie développer des certifications d’authenticité et d’origine des aliments basées sur la spécificité microbienne », ont-ils ajouté.
